Bestyrelsen har den overordnede ledelse af skolen og er ansvarlig over for undervisningsministeren for, at skolens økonomi og drift er i overensstemmelse med skolens vedtægter og relevant lovgivning samt andre retsregler om frie grundskoler.
Bestyrelsen på Humlebæk lille Skole består af 7 medlemmer fra forældrekredsen, der vælges på den årlige generalforsamling.